Formålet med bekendtgørelsen er at tilpasse økologibekendtgørelsen i overensstemmelse med økologiforordningen og økologiloven. Bekendtgørelsen ændrer og supplerer bestemmelser, som er nødvendige af hensyn til anvendelsen af økologiforordningen i Danmark og erhvervet som er underlagt forskellige indberetningsfrister.